Awal pendudukan Jepang di Biak pada 1942, pasukan Jepang berhasil mendaratkan tak kurang dari 10.400 orang serdadunya. Pada periode berikutnya, hembusan angin peperangan memang semakin memihak tentara Sekutu yang dibuktikan dengan rentetan kesuksesan mereka memukul pasukan Jepang di beberapa front Pasifik. Namun seperti halnya di tempat lain, tentara Sekutu memang terbilang cukup kerepotan untuk mengalahkan pasukan Dai Nippon di Biak yang terkenal pantang menyerah dan tak takut mati. Sampai pada akhirnya goa pertahanan terakhir Kolonel Kuzume Naoyuki berhasil disulap menjadi neraka oleh pasukan Sekutu, setelah menghujaninya dengan peluru, granat, minyak, dan lebih dari 850 pon TNT. Ketika kami memasuki goa-goa itu, aroma mayat terpanggang yang menyengat datang menyambut kami; rupanya peluru, granat, gasoline, dan TNT telah melakukan tugasnya dengan baik, kata salah seorang veteran punggawa Sekutu, Letnan Jenderal Robert L Eichelberger, dalam buku Jungle Road to Tokyo.
Ketika itu Kolonel Kuzume Naoyuki bersama sekira tiga ribu orang serdadu Dai Nippon yang pernah sukses melibas kawasan Pasifik pada periode awal Perang Dunia II, tengah terdesak oleh serangan balik pasukan Sekutu yang semakin menghebat di Biak, Papua. Dalam posisi yang semakin sulit tersebut rombongan Kuzume memutuskan untuk membangun benteng pertahanan terakhir pada sebuah goa yang cukup besar. Namun, pada Rabu 21 Juni 1944 yang nahas itu, Batalyon 1 infanteri 162 Sekutu, berhasil membobol pertahanan serdadu Jepang yang telah sekarat dan hanya tinggal 250 orang saja dengan membakar dan memanggang habis mereka semua yang ada di dalam goa. Tempat itu kemudian dikenal dengan nama Goa Jepang.
Kawasan obyek wisata Gua Jepang terdapat Museum yang berisi benda - benda bersejarah, peralatan dan perlengkapan perang tentara Jepang yang konon ditemukan di dalam Gua Jepang dan sekitarnya seperti peneng ( kalung dengan liontin yang terbuat dari logam biasanya berfungsi sebagai tanda pengenal ), helm, granat, pistol, dan masih banyak lagi deh. Situs Gua Jepang saat ini dikelola oleh Yayasan Binsari.(diambil dari berbagai sumber, oryza aditama/www.saudaratua.wordpress.com).
